La verdad lo único que puedes hacer es quitar todo el "betún visual" (dejar la apariencia en modo clásico) y controlar que programas se cargan al inicio, dejar únicamente el antivirus y lo mínimo necesario para que funcione Windows, aunque con las PCs "modernas" debido a su potencia no hay demasiada diferencia, puedes comprobarlo dejando todo como viene normalmente antes de que instalaras el tuneup, arrancar Windows y una vez que haya terminado de cargar TODO el inicio y este sin trabajar, ni cargar nada del disco duro presiona:
CTRL+SHIFT+ESC>Rendimiento>Ver>Mostrar cronología del núcleo
De esta manera ves que porcentaje del (los) CPU es usado por Windows, que porcentaje por otros programas y la cantidad de memoria usada en total, después realizas la "optimización" del tuneup y repites el procedimiento para ver que tanto mejoro, después regresas todo como estaba y haces los ajustes manualmente, veras que es prácticamente lo mismo, pero sin necesidad de ensuciar el registro de Windows con otro programa mas instalado (en este caso el tuneup), es mas CREO (no lo he comprobado personalmente) que la diferencia entre un windows "limpio" recién instalado y un windows "optimizado" con el tuneup es insignificante o inexistente en una PC "moderna"
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